Mục tiêu của Lêo IX là đem luân lý lại cho Giáo hội đang ngày càng là nạn nhân của việc buôn thần bán thánh và tình trạng sống chung ngoài hôn thú.

Ngay khi vừa lên ngôi, Giáo hoàng Leo IX đã bắt đầu một công cuộc cải cách toàn diện với một phương pháp thật đơn giản: dựa vào mấy huấn dụ đã có trước, ông thẳng tay sửa trị những ai cố chấp để làm gương. Giáo hoàng thân hành từ xứ này qua xứ nọ: Lombardia, Rhenania, Pháp, Đức, Nam Ý,...Đến đâu, ông cũng thị sát, tra hỏi, kinh lý các Giám mục, và cách chức những kẻ bất xứng.

Đáng chú ý nhất là vụ Thánh Reims nước Pháp. Bấy giờ, vua Henry I không chấp nhận cho đức Leo đặt chân lên lãnh thổ của ông, nhưng ông cứ vào. Nhân dịp lễ cung hiến ngôi thánh đường dâng cúng thánh Remi, Giáo hoàng Leo IX buộc mỗi Giám mục đến dự đại lễ phải thề rằng: mình đã "không nhận cũng phong chức cho ai bằng đường lối mạn thánh".

Kết quả: 5 Giám mục, trong số này có Tổng Giám mục thánh Reims, đã không giám thề. Tuy nhiên nhờ ở tấm lòng nhân hậu, những ai thành thật nhận lỗi đều được tha thứ. Từ đó, Đức Leo đã cản được tệ đoan mạn thánh và những vụ phạm pháp công khai.

Trong 5 năm làm Giáo hoàng người đã triệu tập mười hai công đồng, trong đó có công đồng chống buôn thần bán thánh và sự đồi truỵ của giáo sĩ. Bêrengêrô rối đạo-chối việc Chúa ngự thật trong Bí Tích Thánh Thể-bị kết án. Người mời gọi các vua thăng tiến việc canh tân, như Hoàng Đế Henricô III, vua Eđouarđô nước Anh, vua Ferđinanđô xứ Castilla.